环境因素
大部分微生物制剂使用于非可控的养殖水体，环境因素(如：溶解氧，碱度，温度，pH值等和天气状况)会对微生物制剂的使用效果产生一定的影响。

1 溶解氧
水体溶解氧的高低，会影响到好氧菌生长速率和氧化分解污染物的效率。目前微生物制剂中芽孢杆菌为好氧菌(或兼性)，硝化细菌为严格好氧菌，使用含有这类活菌的产品，一定要保持水体足够的溶氧，才能维持细菌快速繁殖和对污染物的有效分解。以硝化细菌为例，每毫克氮经过整个硝化作用途径后，氨转变为硝酸盐需要4.57 mg溶解氧来“清除”含氮物质释放的电子，所以保持较高的溶解氧对于硝化细菌是必要的，研究表明水中溶氧至少大于2 mg／L是硝化细菌进行正常的硝化反应所必需的。

池塘底部低溶氧会影响生物底改的使用效果。大多数养殖者更喜欢颗粒型生物底改，他们认为既然是底改，当然要沉到塘底才能更好的发挥作用。但是池塘底部是污染最严重的区域，尤其是养殖的中、后期，底部积累的耗氧因子往往会使底部溶解氧消耗殆尽，如果生物底改中没有耐低氧菌株(≤0.5～1.5 mg／L)，那么这些细菌在缺氧的环境中生长繁殖并不理想，虽然直接到了底部，但大部分细菌休眠或没有繁殖，甚至死亡，即使投入很多菌也无济于事。有些生物底改剂推荐配合增氧粉(颗粒)使用，也是通过增加溶氧来促进生物底改的效果。

2 碱度-pH值和盐度
碱度的大小表征水体缓冲能力的大小。在藻类光合作用下，低碱度水体(CaCO 含量<50 mg／L)相对于高的水体(CaCO 含量80～150 mg／L)有更大的pH值波动。每种细菌都有一个最佳pH值范围，过大的pH值波动会影响微生物制剂效果，如硝化细菌虽然各种亚硝酸细菌和硝酸细菌生长的最适pH值不同，但它们都在微碱性反应的环境中良好地生长，对pH值的变化反应明显。硝酸细菌如硝化杆菌(Nitrobaeter)为pH值为8．3～9-3，一般在中性或微碱性条件下生长最好。硝化细菌类产品需要养殖水体保持较高的碱度才能很好的发挥作用，理论上计算硝化细菌氧化1 mg N—NH ，需要消耗7．14mg碱度。池塘底部污染严重时，发酵产生的有机酸积累，碱度太低，会使底部pH值很低，会严重影响芽孢类微生物制剂对池塘底部的改良效果。有的细菌不耐高盐度，产品中活菌投水后死亡率高也是影响效果的原因之一。

3 天气状况
大多数微生物制剂在20～30摄氏度 内有比较好的活性，水温10℃以下时活性明显降低，在使用微生物制剂时要注意水温对产品效果的影响。天气好坏会影响到藻类的繁殖和水色变化，对于以水色变化与否来检验产品的养殖者，最好在晴天上午使用微生物制剂。亚硝酸细菌对近紫外波段很敏感，强烈的光照对于亚硝酸细菌影响较大，因此在使用硝化细菌类产品时养殖水体的透明度不能太大，或者选择合适的时间使用会有更好的效果。

（天气这块，主要是使用微生态制剂的合适温度，现在有好多所谓的低温微生物、低温菌，在10摄氏度以下发挥作用。个人认为，在这种温度下微生物存活没有任何问题，但代谢活性较慢，故发挥作用可能也不会非常显著）

4 营养缺乏或过多
细菌进入水体后繁殖速度与水体的营养水平有很大的关系。一般认为细菌生长对水体C、N、P的利用率100：5：1。如果水体太瘦，或营养成分单一或失衡，有些异养菌为主的活菌制剂不会大量繁殖，使用活菌几乎无效，此时应向水体中适当补充缺乏的营养才能达到更好的效果。如对于反硝化细菌，水体中BODJTN<3，需要补充碳源才能有较好的脱氮作用，否则即使满足了反硝化的条件，在养殖后期微生物制剂越用水色越浓。

适量的有害物质如氨氮，亚硝酸盐，硫化氢或有机物的存在是必要的，因为细菌只有以此为基础才能获得能量生存繁殖，但过量了也会对微生物产生毒害作用，如非离子态氨对于硝化细菌是具有微量的毒性作用，当非离子态氨的浓度达8 mg／L时，就能对硝化细菌产生抑制。另外亚硝酸盐积累太多也会对硝酸细菌产生抑制，所以我们在使用微生物制剂时要充分考虑这些因素对产品使用效果的影响。

这点也非常关键，加到水里的微生物只有能够成活生长才能发挥作用，故需要给微生物合适的营养需求。常规的如：补充糖蜜等碳源，但需注意其耗氧严重、且容易让有害菌长起来，一定注意用法、用量。