芽孢杆菌具有较好的益生特性，它不仅能够产生对多种微生物都具有活性的抗性物质，且具有非致病性和无毒的特性，还具备特有的芽孢形成能力。芽孢杆菌属益生菌可增强养殖动物肠道消化酶和机体抗氧化酶活性、免疫及抗胁迫相关基因的表达，尤其是可有效提高鱼类对病原微生物的抵抗力。芽孢杆菌也可以提高鱼类对饲料的利用率，从而有效提高其生长速度。

芽孢杆菌属益生菌具有抑制病原体等特性，其作用方式多样。例如，与病原微生物竞争粘附位点抑制其生长、产生抗生素和细菌素、抑制病原的毒力基因表达、产生裂解酶（如蛋白酶、几丁质酶、纤维素酶和β-1,3-葡聚糖酶，可以裂解病原微生物的细胞壁）等等。芽孢杆菌的另一个特性是可产生营养物质和分泌消化酶，进而促进养殖动物生长。目前在鱼类中用作益生菌的芽孢杆菌主要包括枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌等。

作为益生菌的芽孢杆菌可以产生抗氧化酶。例如SOD和谷胱甘肽，以有效地消除自由基。无论是在血清中还是在粘液中，芽孢杆菌都能够调节抗氧化活性。例如，已有研究表明，地衣芽孢杆菌Dahb1可以增加亚洲鲶鱼的抗氧化反应。

环境胁迫可改变先天机体免疫反应，从而使鱼类易患不同疾病。因此，环境胁迫是导致水产养殖和渔业种群高死亡率和疾病的重要因素之一。环境胁迫在鱼类养殖中是不可避免的。益生菌可以明显改善鱼类的抗逆性。例如，研究表明，尼罗罗非鱼饲料中添加枯草芽孢杆菌，可有效减少与高养殖密度相关的胁迫；而在添加解淀粉芽孢杆菌54A和短小芽孢杆菌47B补充剂之后，则显著降低了氨氮胁迫下条纹鲶鱼的死亡率。

近年来，由于水域生态系统中污染物/毒物的积累，使人们意识到这些污染物可能是许多养殖鱼类肝脏肿大和肝胆综合征疾病的原因。在补充地衣芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌后，鱼体组织中AST和ALT活性显著降低。在对虾养殖中，与对照相比，添加枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌也显著降低了其组织中AST和ALT活性。这一结果表明芽孢杆菌可降低毒性因子毒性作用并改善肝脏功能，证实了了芽孢杆菌的保肝潜力。

水产养殖中最常见的疾病问题是细菌感染。在细菌性病原中，无乳链球菌和嗜水气单胞菌所引起的鱼类病害是造成鱼类养殖巨大经济损失的重要病原。从目前看，使用抗生素遏制致病菌引起的疾病，往往会导致耐药微生物的出现，进而产生环境危害和食品安全问题。而用疫苗治疗，则往往仅对特定致病菌有效，无法作为通用控制剂使用。

益生菌用于改善鱼类抗病力的机制比较复杂，包括产生抗菌物质抑制病原、与病原体竞争营养和空间、上调宿主非特异性或特异性免疫系统等，从而增强机体对病原微生物的抵抗力。目前，已有越来越多的研究证明了芽孢杆菌在防治细菌性疾病的有效性。

益生菌可通过增强食欲、产生维生素、增加消化酶活性、分解难消化成分以及改善肠道形态等有效促进鱼类的生长。益生芽孢杆菌可单独或与其他免疫刺激剂组合显著增加鱼类的生长和饲料利用率。例如，地衣芽孢杆菌和短小芽孢杆菌显著增加了巴沙鱼和罗非鱼的生长速度，泼洒凝结芽孢杆菌B16可提高罗非鱼生长速度。总体上，大多数芽孢杆菌均可有效改善宿主生长性能。